Podľa historických dokumentov boli kostol a kláštor postavené v rokoch 1722 až 1778 podľa stavebného plánu J.G. Altenbergera. Stavebný komplex postavený paulánskou rehoľou je významnou stavbou v neskorom barokovom štýle, a je považovaný za jednu z najkrajších sakrálnych stavieb Žitného Ostrova. V súčasnosti kostol nesie názov Nanebovzatej Panny Márie a je spojený s kláštorom chodbou a sakristiou.
Priestor kostola je jednoloďový so svätyňou zaklenutou segmentovým oblúkom. Veža vyčnieva z hlavnej fasády. Vnútorné steny a klenba sú zdobené freskami a maľbami s významnou umeleckou hodnotou. Ide väčšinou o diela Franza Sigrista z roku 1778, ktoré zachytávajú jednotlivé míľniky života sv. Františka z Pauly. Vo svätyni šamorínskeho kostola je klenbová freska, ktorá zobrazuje stretnutie sv. Františka Paulínskeho s francúzskym kráľom Ľudovítom XVI. Chorý kráľ sa dopočul o asketickom živote a liečiteľských schopnostiach sv. Františka a prostredníctvom pápeža Sixta IV. ho dal zavolať do Tours. František sa na cestu dlho neodhodlal, nakoniec však oznámil kráľovi, že nedokáže ho ani on, ani pán Boh vyliečiť a jediné, čím mu môže pomôcť, je pripraviť ho na kresťanskú smrť.
Kostolný organ postavil najznámejší dobový majster Ludvig Mooser v roku 1866. Pôvodná kompozícia organu je neznáma, ale podľa zachovalých organových píšťal je zrejmé, že mal pôvodne 20 registrov. Neskoršie zásahy a opravy výrazne znížili kvalitu píšťalového materiálu. Na prelome tisícročia bol jeho stav už natoľko kritický, že sa uvažovalo nielen o generálnej oprave ale dokonca o jeho komplexnej rekonštrukcii. Do roku 2005 boli rekonštrukčné práce na organe dokončené a výsledkom je organ rekonštruovaný do pôvodnej kvality. Bol zasvätený 26. júna 2005.
Rád paulánov – alebo ako sa na začiatku nazývali, rád Ježiša-Márie – založil sv. František z Pauly. Založenie rádu bolo schválené pápežom Sixtom IV. v roku 1474. Rehoľa paulánov bola katolícky žobravý rád. Nazývali sa aj minimalistami (“najmenší bratia“). Verejnosť si ich často mýli s mníšskou rehoľou založenou v Uhorsku, Pavlínmi. Ich heslo Charitas (láska) vyjadrovalo ich postoj a lásku k Bohu a blížnym. Pauláni žili pokorným a kajúcnym životom plným odriekania. Dodržiavali sľub chudoby a mlčania, zriekli sa dokonca aj konzumácie mäsitých, mastných a maslových jedál. Na území Uhorska mali iba jediný kláštor a to v našom meste, v Šamoríne . Usadili sa tu okolo roku 1680. Do určitého času sa im darilo v pokračovaní vlastnej činnosti, vrátane stavby kostola a kláštora, misionárskej a vzdelávacej činnosti, panovník Jozef II. však v roku 1786 dal rehoľu rozpustiť. Následne sa už rád paulánov neobnovil. Ich kostol sa stal farským kostolom mesta Šamorín, opustená budova kláštora sa dostala čiastočne do vlastníctva šamorínskej katolíckej obce a čiastočne sa stala mestským majetkom. Dlhé roky v nej fungovali školské triedy. Ľudovým názvom kláštora bola Korona, ktorý pochádzal po hostinci prevádzkovanom až do roku 1980 vo frontálnej časti budovy tvoriacej vlastníctvo mesta.
